学校在1995年设立了生物化工专业，2000年生物工程成为校级重点学科，为支持委属高校建设，2006年国家民委-教育部设立了“联合共建重点实验室”。经过10年的努力，2016年通过了教育部的考核验收，正式成为“教育部重点实验室”，是国家民委系统第一个“教育部重点实验室”。

实验室建筑面积8000平方米，大型仪器设备（＞50万元）45台套；仪器设备总价值1.24亿元。实验室已成为人才队伍汇聚的高端平台，实验室现有固定人员55人，70%毕业于985、211高校。学术委员会主任是中国海洋大学的薛长湖院士。

生物工程学科在第五轮学科评估中获得A档，全国仅4所高校生物工程学科进入A档，辽宁省9所高校获评A类学科，其中仅4所高校获评理工类A档学科；生物工程学科于2024年入选辽宁省“双一流”建设学科并被列为“国内一流学科”建设对象。工程学、农业科学、化学、材料科学等4个学科进入ESI全球排名前1%。

经过多年建设，实验室已成为支撑生物工程学科建设的高端平台，学校支持设立了生物工程学科特区，现在已经形成了生物工程学科群，带动了其他4个学位点和10个本科专业的建设。

在教育部重点实验室的辐射和带动下，建有7个省部级科研平台和7个市级科研平台。近五年，承担各类项目361项，总经费1.28亿元，获批的国家自然科学基金数量位居辽宁省高校前列。发表论文699篇，SCI收录论文476篇，其中一区163篇。授权中国发明专利101项，国际发明专利5项。科技成果转化金额约1397.8万元。荣获国家科学技术进步奖二等奖等科技奖励52项。

近年来，实验室多次主办、承办大型国际、国内学术会议，进一步提高了实验室的知名度和影响力。

实验室以“健康中国”“东北全面振兴”“乡村振兴”“固边兴边富民”等国家战略需求为导向，利用现代生物技术，解决东北地区和民族地区特色生物资源开发利用的"卡脖子"难题，有效将海洋资源等转化为生物制品和生态种质。形成了三个研究方向：1.天然产物结构修饰与功能改进；2.特色生物资源食用开发与安全；3.资源植物种质创新与高值利用。

当前，核酸药物发展迅速，是最有前景的癌症治疗、新型疫苗研发方法。靶向递送是其应用的最大难题，关键材料被美国等国家垄断。团队建立了自主可控的“温和高效脂质合成技术平台”，成功获得了一系列具有自主知识产权的新型肽脂质材料。已获得多项国际国内发明专利，并成功转让给国内外企业。这个研究方向累积为企业创造新增产值2.45亿元。

辽宁作为海参养殖大省，但海参加工产业面临着技术瓶颈问题一是海参在加工过程营养成分损失大、二是口感差，质构特性容易劣变，为此团队研发了自溶酶低温酶解技术，最大限度地保留了海参的营养成分和品质，目前开发了速发海参和即食海参等系列产品。相关技术在企业应用，这个研究方向累计为企业新增产值4.85亿元。

木本油料是解决我国食用油安全的重要途径，但是文冠果、油茶和沙棘等产果率和出油率低，老百姓种植积极性不高。团队系统揭示了三种木本油料重要性状形成的分子机制，创建了全基因组选择育种技术，培育出优质高稳产新品种8个、良种4个，发明了低产林高接换优的品种配置技术。实现亩产种子和油比现有提高了2-5倍，在内蒙古、辽宁等地区推广了31.5万亩，带动20.5万人长效致富，先后被人民日报等媒体报道。并孵化出文冠果产业国家创新联盟。

实验室科技帮扶工作获得广泛好评，获得“全国民族团结进步模范集体”“贵州省脱贫攻坚先进集体”和“全国民族团结进步模范个人”等荣誉。